Сергій Лифар народився 20 березня (2 квітня) 1905 року (за іншими даними — 2 (15) квітня 1904 року) в тодішньому передмісті Києва селі Пирогів або ж у селі Віта-Литовська, у родині помічника лісничого Трипільсько-Вітянського лісництва Михайла Яковича Лифаря та його дружини Софії Василівни Марченко. У метричній книзі церкви Воздвиження Чесного Хреста Господнього села Пирогова, парафіянами якої була родина Лифарів, є запис про його народження 20 березня та хрещення 10 квітня 1905 року. Родина Лифарів мала глибоке козацьке коріння. Пізніше Сергій Михайлович згадував, як, гостюючи в свого діда у Каневі, слухав розповіді про героїчне минуле України та розглядав «пожовклі вицвілі грамоти з восковими печатками, що ними нагороджували Лифарів українські гетьмани та кошові отамани великого Війська Запорізького». У 1913 році Сергій пішов навчатися до Імператорської Олександрівської гімназії. Пізніше продовжив навчання у 8-й Київській гімназії. Хлопчик був наділений тонким музичним чуттям. З дитинства Лифар співав у церковному хорі Софіївського собору, брав уроки гри на скрипці у професора Воячека, відвідував клас фортепіано у Київській консерваторії. Але визначальною в його долі стала зустріч із Броніславою Ніжинською, сестрою відомого на той час танцівника Вацлава Ніжинського. Саме її київська балетна студія «Школа руху» і стала для 17-річного Сергія першим кроком до вершин слави. Україна, Київ до кінця життя лишилися світлою мрією Лифаря. «Навіть прекрасний блискучий Париж не зміг примусити мене, киянина, забути мій широкий, величавий Дніпро», — говорив він.

Вручаючи орден Почесного легіону, Шарль де Голль вкотре запропонував Сержу Лифарю стати громадянином країни і звернувся до нього:
«Мосьє Лифар! Ви зробили для Франції стільки, скільки мало хто із знаменитих французів. Чи не час вам стати французом і за паспортом?». Лифар відповів: «Щиро вдячний, пане президенте, за вашу пропозицію. Але я ніколи не був і не буду французом, бо я українець і батьківщина моя Україна». Він так і залишився власником паспорту Нансена, «персоною без громадянства» — не міг зректися свого коріння, предків, землі, де він народився. Уже відлучений від театру, він одного разу прийшов до Гранд-Опера у вишиванці, а потім поділився найзаповітнішою мрією: «Мрію повернутися в Україну. Проте вдома мене, на жаль, ніхто не знає, а у Франції — забули».

Олесь Ільченко згадував, що йому Валерій Парсегов, який був знайомий з Сержем Лифарем, розповідав, що Лифар в розмові з ним підкреслював своє українське походження.