«Музей історії міста Києва» було створено 14 листопада 1978 року та відкрито у першому кварталі 1979 року в «Будинку Петра I» на Подолі (вул. Костянтинівська, 6/8). Музейне зібрання на той час складалося з археологічних матеріалів, переданих Інститутом археології Академії наук УРСР, етнографічної та нумізматичної колекцій, колекції ікон, стародруків, поштових листівок, подарунків від підприємств, установ та мешканців Києва. За короткий проміжок часу фонди музею збільшилися до 36 тисяч одиниць.

Через брак виставкової площі експонуватися могли лише 5-6% експонатів, тому музей було переміщено до Кловського палацу (пам’ятка архітектури національного значення XVIII століття по вул. Пилипа Орлика, 8) і відкрито 26 травня 1982 року у дні святкування 1500-річного ювілею міста. У Кловському палаці Музей розміщувався більше двадцяти років та мав 18 експозиційних та актовий зали, адміністративні приміщення та фондосховища. За цей час Музей здобув славу одного з найкращих культурно-просвітницьких закладів столиці України і став візитною карткою стародавнього Києва.

Однак, за розпорядженням Кабінету Міністрів України № 506 від 11 серпня 2003 р., будівля Кловського палацу була передана Верховному Суду України. З 10 березня 2004 р. Музей було закрито для відвідувань і «переміщено» на 4 та 5 поверхи в Палац мистецтв «Український дім» по вул. Хрещатик, 2.

06 червня 2012 року під натиском громадськості у користування «Музею історії міста Києва» було передано будівлю торгово-офісного центру біля станції метро «Театральна» по вул. Богдана Хмельницького, 7, де з 22 серпня 2012 р. Музей історії міста Києва відновив експозиційно-виставкову діяльність, і нині функціонує як Музейно-виставковий центр «Музей історії міста Києва».